แม้ว่า URL จะหน้าตาคล้ายกัน แต่จริงๆ แล้วซับโดเมนกับซับไดเรกทอรีมีความแตกต่างกันค่อนข้างมากในเชิงการใช้งาน ซึ่งถ้าเลือกทางผิด ก็อาจทำให้การจัดการเว็บของคุณลำบากขึ้นในระยะยาว